Mihrimah Sultan 1578 yılında öldü ve öldüğünde 50 yaşındaydı. Öldüğünde kardeşi II.Selim'in oğlu III.Murat padişah idi. Ölene kadar yeğeni olan III. Murat'a danışmanlık yaptı. Mezarı babasının başucunda Süleymaniye Camii'sindedir.