Alt sindirim sisteminde oluşabilecek bir çok rahatsızlıkta kamera yoluyla görsel bakı sağlayarak tanı koymak için kullanılır.

Kolonoskopi tetkiki sırasında kanamaları durdurmak, polip adı verilen ve sıklıkla iyi huylu olan urlar alınabilir, iltihabi bağırsak hastalığı , bağırsak kanseri , veya rektum kanseri ,taşlaşmış dışkı ,parazitlerin görülmesi, belirlenmesi halinde parça alınabilir.Bu parçalar incelenerek kesin teşhis konulabilir.