Canlılarda, doku ve organların köken bağıntılarına bakılarak yapılan sınıflandırmadır. Anatomik benzerlik, akrabalık dereceleri, protein yapıları gibi birçok özellik dikkate alınarak sınıflandırma yapılır. Dayandığı temel homolog (kökendeş) organlar ve kalıtsal benzerliktir.


Homolog Organ :
Kökenleri (orjin) aynı, görevleri farklı olan organlardır. Böyle organlara yapıdaş organlar da denir.

Doğal (Filogenetik) Sınıflandırma

Canlıların organ yapılarının benzerliğine, dolayısıyla evrimsel akrabalıklarına bakılarak yapılan sınıflandırmadır. Doğal sınıflandırmada homolog organlar dikkate alınır. Homolog organlar; yapıları aynı ama görevleri farklı olan organlardır. Homolog organları homoloji inceler.

Örnek : İnsanın kolu - Kuşun kanadı - Balinanın yüzgeci

Organları homolog olan canlılar akrabadırlar. Akraba canlıların proteinlerindeki amino asit dizilişleri, embriyonik gelişim evreleri, boşaltım artıkları da benzerdir. Nicel gözlemlere dayanır.